De Museumnacht Leiden wordt georganiseerd vanuit de Stichting Museumnacht Leiden. De stichting bestaat elk jaar uit studenten van de A.L.S.V. Quintus. De Museumnacht Leiden werkt logischerwijs samen met de deelnemende musea.

Naast de vaste collectie hebben de deelnemende musea ieder ook extra programmering tijdens de nacht. De programmering biedt onder andere workshops, lezingen, optredens van bands en dj’s, kleinkunst, alternatieve rondleidingen en films. Met behulp van de website, social media en een uitgebreid programmaboekje zijn de bezoekers in staat om hun eigen planning te maken.